En la actualidad, la Universidad Jagellónica consta de 16 facultades, en las que cerca de 4.000 profesores investigan y forman a casi 40.000 estudiantes en más de 150 campos de estudio diferentes. Eminentes investigadores y una infraestructura de vanguardia hacen de la JU una de las principales instituciones científicas polacas, que colabora con importantes centros académicos de todo el mundo. La Universidad Jagellónica también alberga numerosas sociedades de investigación estudiantiles, donde los jóvenes investigadores persiguen sus intereses académicos y entablan amistad con personas que comparten su pasión.