Aujourd'hui, l'université Jagiellonian comprend 16 facultés, où près de 4 000 membres du personnel universitaire mènent des recherches et dispensent un enseignement à près de 40 000 étudiants, dans le cadre de plus de 150 domaines d'études différents. D'éminents chercheurs et des infrastructures de pointe font de l'université Jagiellonian l'une des principales institutions scientifiques polonaises, qui collabore avec d'importants centres universitaires du monde entier. L'université Jagiellonian abrite également de nombreuses sociétés de recherche étudiantes, où les jeunes chercheurs poursuivent leurs intérêts académiques et nouent des amitiés avec des personnes qui partagent leur passion.