Oggi, l'Università Jagellonica comprende 16 Facoltà, dove quasi 4mila membri del personale accademico conducono ricerche e forniscono istruzione a quasi 40mila studenti, nell'ambito di oltre 150 diversi campi di studio. Eminenti ricercatori e infrastrutture all'avanguardia fanno della JU una delle principali istituzioni scientifiche polacche, che collabora con i maggiori centri accademici di tutto il mondo. L'Università Jagellonica è anche sede di numerose società di ricerca studentesche, dove i giovani ricercatori perseguono i loro interessi accademici e sviluppano amicizie con persone che condividono la loro stessa passione.