I dag består Jagiellonian University av 16 fakulteter, der nesten 4 000 vitenskapelig ansatte driver forskning og utdanner nesten 40 000 studenter innenfor mer enn 150 ulike fagområder. Eminente forskere og toppmoderne infrastruktur gjør universitetet til en av Polens ledende vitenskapelige institusjoner, og det samarbeider med store akademiske sentre fra hele verden. Jagiellonian University er også hjemsted for en rekke studentforskersamfunn, der unge forskere kan dyrke sine akademiske interesser og utvikle vennskap med mennesker som deler deres lidenskap.